四川大學華西第二醫(yī)院源于1896年成立的仁濟女醫(yī)院，開設婦產(chǎn)科和兒科。1987年原衛(wèi)生部批準華西婦產(chǎn)科和兒科從原華西醫(yī)科大學附屬醫(yī)院遷出單獨建院，成立華西醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院，又名華西婦產(chǎn)兒童醫(yī)院。2000年醫(yī)院更名為“四川大學華西第二醫(yī)院/華西婦產(chǎn)兒童醫(yī)院”，是國家衛(wèi)生健康委員會預算管理的婦女兒童?？漆t(yī)院。醫(yī)院為國家兒童區(qū)域醫(yī)療中心(西南)，也是國家區(qū)域醫(yī)療中心建設項目——四川大學華西第二醫(yī)院天府醫(yī)院/四川省兒童醫(yī)院（眉山）和四川大學華西第二醫(yī)院西藏醫(yī)院/西藏自治區(qū)婦產(chǎn)兒童醫(yī)院（拉薩）的輸出單位，是集醫(yī)療、教學、科研、預防保健和人才培養(yǎng)為一體的大學附屬醫(yī)院。

醫(yī)院目前有華西院區(qū)和錦江院區(qū)兩個院區(qū)，核定床位1580張，有26個臨床科室和7個醫(yī)技科室。婦產(chǎn)科學和兒科學均為國家重點學科，婦科、產(chǎn)科、兒科新生兒專業(yè)、超聲科、小兒呼吸免疫科、生殖醫(yī)學科、小兒感染科、小兒神經(jīng)科、兒童心血管科為國家臨床重點專科建設項目，醫(yī)院為國家更年期保健、新生兒保健、孕產(chǎn)期保健和孕前保健特色?？平ㄔO單位。婦產(chǎn)科學、兒科學、母嬰醫(yī)學和應激生物學為博士學位授權點，婦產(chǎn)科學和兒科學為博士后流動站。醫(yī)院擁有“出生缺陷與相關婦兒疾病教育部重點實驗室（四川大學）”、“國家衛(wèi)健委時間生物學重點實驗室”、“藥物制劑體內外相關性技術研究國家藥監(jiān)局重點實驗室”、“早期發(fā)育與損傷的基礎與臨床嵌合研究”教育部創(chuàng)新團隊。婦科惡性腫瘤診治、小兒血液病及小兒腫瘤診治、早產(chǎn)兒支氣管肺發(fā)育不良防治體系的建設與完善為國家衛(wèi)生健康委臨床學科重點項目。國家兒童區(qū)域（西南）醫(yī)療中心、全國救治農(nóng)村兒童白血病、先天性心臟病區(qū)域協(xié)作中心、中國出生缺陷監(jiān)測中心/全國婦幼衛(wèi)生監(jiān)測辦公室、四川省產(chǎn)前診斷中心、四川省人類精子庫、四川省婦產(chǎn)科、兒科、婦幼檢驗、女性盆底功能障礙性疾病質量控制中心、四川省生育力保存質量管理中心、四川省危重孕產(chǎn)婦和新生兒救治中心等機構及中心掛靠我院。

醫(yī)院為國家衛(wèi)生健康委住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、新生兒圍產(chǎn)期醫(yī)學?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓基地、臨床藥師培訓基地、婦科內鏡診療技術培訓基地、產(chǎn)前診斷培訓基地、先心病介入診療技術培訓基地、全國出生缺陷防治人才培訓項目培訓基地、婦女保健?？颇芰ㄔO區(qū)域培訓基地、助產(chǎn)士規(guī)范化培訓基地、全國基層產(chǎn)科醫(yī)師培訓項目四川省培訓基地、四川省專科醫(yī)師、專科護士規(guī)范化培訓專業(yè)基地、四川省護士、藥師規(guī)范化培訓基地。

醫(yī)院承辦《中華婦幼臨床醫(yī)學雜志》（電子版）（中國科技核心期刊）、《國際輸血與血液學雜志》（中國科技核心期刊）和《中華醫(yī)學遺傳學雜志》三本國家級雜志和《Gynecology and Pelvic Medicine》《Women and Children Nursing》兩本英文國際雜志。