宋、明兩代又有增刻和修葺。崖壁上下共五級,佛大者數(shù)丈,小者僅盈尺,或五、六尊為一龕,或七、八尊為一龕,望之如蜂房鴿舍,號稱千佛崖。還有南唐書法家徐鉉、徐鍇題名,宋游九言書“古千佛巖棲霞寺”及明代重修佛龕題名等。
明征君碑碑文記載棲霞山千佛崖石窟的緣起和經(jīng)過,共33行,滿行74字,由唐高宗李治所撰,由高正臣行書書寫,王知敬篆額,碑陰刻“棲霞”二字,相傳為李治所書。這是我國早的行書碑之一,筆畫圓潤豐澤,結(jié)構(gòu)嚴謹,藝術(shù)價值高。該碑的碑材含距今2.8億年的海百合莖和中國孔珊瑚等淺海動物化石,系地質(zhì)學界罕見的化石標本。
清咸豐年間,千佛崖遭嚴重破壞。1925年,住持僧若舜用水泥粉飾全山石像,使之失去原貌?!拔幕蟾锩敝杏衷馄茐摹,F(xiàn)存造像515尊,佛龕294座,除少數(shù)完好外,大部分已殘缺。
1994年10~12月,南京市博物館對千佛崖石窟造像進行考古調(diào)查。1998年4月,南京市文物研究所受省文化廳和市文物局的委托,主持召開“修繕棲霞山千佛崖佛教造像論證會”。1999年12月,南京市文物研究所開始對千佛崖文物進行全面的考古調(diào)查與研究工作。
千佛崖文物的總體格局至今未變,重要文物都還保存在原來的位置上,沒有遭到大的破壞;整體環(huán)境保護較好,無任何現(xiàn)代建筑,也無挖溝、筑路、墾荒等破壞現(xiàn)象發(fā)生。棲霞山千佛崖山體為石灰?guī)r,石質(zhì)疏松,易于風化,現(xiàn)山體遍布裂隙,山崖有剝落滑坡的危險。千佛崖石窟經(jīng)唐代武昌法難、南宋金兵侵犯、晚清連年兵禍、“文革”破舊立新,使石窟造像遭到嚴重破壞。民國年間棲霞寺僧將所有造像的表面涂抹水泥,為了增加水泥的附著力,還在造像表面鑿出許多小孔。山上山下雜樹叢生,有礙景觀。
對千佛崖石窟及其頂部崖面上的裂隙作灌漿處理,進行加固,使石窟得到永久性的保存。對每一尊造像進行防酥解、防風化處理。對無頭和缺臂斷腿的造像進行一定數(shù)量的修復以顯示優(yōu)秀傳統(tǒng)文化的神圣性,提高千佛崖石窟的觀賞性。對舍利塔和明征君碑同時作保護維修,修補舍利塔缺損的出檐和重雕缺損的文殊菩薩像。清除石窟頂部崖面和路邊的雜樹雜草,重新設計改造環(huán)境,修整道路,搞綠化景點組合。在重要窟龕前安裝柵欄,使造像不再遭受人為的破壞。收集所有的文物考古資料,進行全面系統(tǒng)的綜合研究,撰寫成大型的考古研究報告出版。