陸生脊椎動物有425種,其中獸類82種,鳥類278種,兩棲類30種,爬行類35種。有國家一級保護動物7種(如大熊貓、牛羚、林麝等)二級保護動物36種(如小熊貓、黑熊、獼猴等)。
植物有1900種,屬國家珍稀瀕危保護種子植物44種。有國家一級保護植物7種(如紅豆杉、珙桐、銀杏等)、二級保護植物30(如水青樹、厚樸、梓葉槭等)。
四川瓦屋山自然保護區(qū)地處動物地理分布的古北界與東洋界過渡地帶的邛崍山支脈峨眉山西北面,四川盆地西緣大相嶺東南麓,地理坐標介于東經102°49′—103°00′,北緯29°25′—29°34′之間,西接滎經縣和雅安市,南臨漢源縣和金口河區(qū),東、北與洪雅縣瓦屋山鎮(zhèn)的長河壩村、燕子巖村、雷坪村、石溪村、孔雀村、復興村、罐坪村,高廟鎮(zhèn)的黑山村集體林界相連,行政隸屬眉山市洪雅縣,總面積36490.1公頃,其中核心區(qū)26498.3公頃、緩沖區(qū)5826.3公頃、實驗區(qū)4165.5公頃。
根據(jù)《四川森林土壤》地理分區(qū),瓦屋山保護區(qū)屬于盆地西緣山地土壤區(qū)。土壤的分布情況在生物氣候條件的影響下,垂直帶狀分異現(xiàn)象十分明顯,由低海拔到高海拔分布著山地黃壤——山地黃棕壤——山地恢化土。
該區(qū)域氣候位居中亞熱帶濕潤氣候區(qū),屬山地氣候類型,加之受太平洋季風、高原季風、北方冷氣團以及海拔的影響,氣候濕潤溫和,雨量充沛,提供了該區(qū)域多生物物種的生長繁育。
保護區(qū)內溪溝、河流主要為周公河(炳靈河)水系。年均流量為35.3立方米/秒,最高流量可達2130立方米/秒,平均徑流量為11.05億立方米。集雙洞溪、代國槽、涼風崗、燕子巖等三十多條支溝之水,注入青衣江。
保護區(qū)系峨眉山向西南與東北延伸構成,峨眉山—瓦屋山斷裂地帶,整個地形由西向東北逐漸傾斜。地質結構主要為中生代的砂巖、紫色砂巖、石灰?guī)r,形成多種金屬礦。最高海拔3269米(六二九山),最低海拔1138米(金花橋)。
四川瓦屋山自然保護區(qū)前身是洪雅縣林場。
1998年起停止天然林采伐。
1993年,四川瓦屋山自然保護區(qū)(以下簡稱保護區(qū))由四川省人民政府以川辦發(fā)1993(67)號文批準成立,是以保護大熊貓及其珍稀野生動物為主的森林和野生動物類型的自然保護區(qū)。
2001年8月,四川省林業(yè)勘察設計研究院及四川省野生動物資源調查保護管理站受省林業(yè)廳保護處委托編制了《四川瓦屋山自然保護區(qū)總體規(guī)劃》(2002年)。
2004年,瓦屋山國家森林公園被四川省人民政府批準成立“四川瓦屋山自然保護區(qū)”,并設立了管理局。