據(jù)《巴縣志》記載:“清康熙四十六年(1707)改八坊為二十九坊,三教堂屬楊柳坊管轄”?,F(xiàn)該寺大三門橫額上落款有“嘉慶已二十四年仲夏慧齡立”字樣。
能仁寺有四重殿寧,依次是書馱殿、觀音殿、祖堂、禪堂。1926年,能亮住持時(shí)改子孫廟為十方叢林。解放前,該寺常住尼眾10余人,信教徒眾多,常年香火不斷。
20世紀(jì)六十年代初至70年代,文革十年浩劫,宗教活動(dòng)停止,殿堂被占用,尼眾去做工,寺廟毀于一旦。文革浩劫后,由政府出面歸還寺廟,并撥款9萬元,該寺自酬資金18萬元,將幾大殿堂修葺一新,1983年恢復(fù)開放。1985年該地居士達(dá)450人,平時(shí)有100—400信教群眾參加活動(dòng)。文革幸存下來的一尊“玉佛”現(xiàn)存觀音殿內(nèi),此殿香火旺盛,常年不斷。另有三個(gè)青磁香爐,是民國二十年(1931)三教堂專門制作的,香爐上燒有“三教堂”及制作年代,文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜,后落實(shí)政策,幾經(jīng)周折才物歸原主。據(jù)說這香爐盛飯菜,十天半月也不餿,引起了很多人的興趣。
中國佛教協(xié)會(huì)主席趙樸初為該寺題寫有“大雄寶殿”額,不少知名人士也題寫對聯(lián),為能仁寺增光添彩。