位于鷺島東南,原舊破布山白鹿腳下,是五老峰西南支脈的延伸。東南毗萬石山植物園,西南靠古剎南普陀寺,西北鄰鼓浪嶼,東北望筼筜湖與狐尾山,現(xiàn)址在思明區(qū)勵志路1號。因地處市區(qū)邊緣,遠(yuǎn)離塵囂,環(huán)境清幽。建寺前這里層峰羅列、山巒聳峙,林木蔥郁、百草豐茂,奇花異草、遍地叢生,白天人跡罕至,夜晚磷火閃爍。妙法林于民國二十三年(1934)由安南(越南)華僑侯妙音出資,轉(zhuǎn)逢和尚的弟子蘇志忍(蘇淡聰)籌備興建,用地面積1.175畝,是具有閩南特色的“菜姑”住持的佛堂。主體建筑坐西南朝東北,系閩南傳統(tǒng)二進(jìn)二天井式的民居樣式,單層磚石結(jié)構(gòu),卷棚頂。其前進(jìn)設(shè)為大殿,主供釋迦牟尼佛,后為祖堂,供奉先賢。佛堂左右兩側(cè)為廂房,周邊辟庭院通道,外設(shè)有院墻,共五個門,四通八達(dá)。
建成后,性愿法師取名為妙法林,弘一法師親筆題匾,住衆(zhòng)共二十幾位菜姑在這里誦經(jīng)禮佛,系佛教女子清修道場??谷諔?zhàn)爭間期,福建省各界抗敵后援會廈門分會利用佛教齋會在這里開展宣傳抗日救國,舉行入黨宣誓儀式,菜姑們也參加募捐支前等愛國活動。
1942年志忍姑往生,妙法林由志忍姑的侄女蘇碧芬主持管理,1984年蘇碧芬去新加坡,在此期間妙法林起了較大的變化,老菜姑們相繼往生,年青菜姑參加革命。1946年4月間中共閩中地委廈門工作委員會書記許集美、主任施能鶴、鄭種植等地下黨員,在妙法林組建中共閩中地下黨廈門工委領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)秘密駐地成立,以宗教活動掩護(hù)進(jìn)行開展革命活動,直至廈門解放?!懊罘帧钡某黾胰吮局鴲蹏鴲劢痰木?,為革命事業(yè)做出積極貢獻(xiàn)。因此1982年3月被廈門市政府列為市級文物保護(hù)單位,妙法林佛堂也就成了中共廈門工委(閩中)舊址。
1983年原妙法林當(dāng)家歸國華僑碧芬姑獻(xiàn)出自己多年積蓄缽資及募捐將妙法林重建一新。從緬甸請回釋迦牟尼佛玉像,于1985年10月舉行隆重落成暨佛像開光典禮,由原菜姑后為地下黨員統(tǒng)戰(zhàn)部干部胡冰姑管理;2003年10月胡冰姑年老往生,現(xiàn)由畢業(yè)于福建佛學(xué)院預(yù)科、閩南佛學(xué)院本科原廈門市佛協(xié)工作人員釋法凈法師住持管理,常住比丘尼八人,菜姑二人。
2010年11月8日正式登記為合法的宗教活動場所。2011年6月,在建黨九十周年之際,妙法林被國家宗教事務(wù)局命名為“全國第一批宗教界愛國主義教育基地”并授牌。