該寺院歷史詳情無(wú)現(xiàn)有文字史料記載,當(dāng)?shù)貍髡f(shuō)史建于唐代,后多次戰(zhàn)火兵匪多次毀壞嚴(yán)重,最后一次修繕在清末民國(guó)初年,后香火鼎盛寺院無(wú)力承受分建三處下院:靈山庵(位于現(xiàn)廣東省河源市連平縣高莞鎮(zhèn)丁村后靈山坑內(nèi)),龍馴庵(位于現(xiàn)廣東省河源市連平縣忠信中學(xué)食堂處),獅子巖(位于現(xiàn)廣東省河源市和平縣獅子巖)。三處下院歷史在雍正八年版連平州志寺觀一章有記載。高莞鎮(zhèn)徐村瓦窯屋村民吳娘石于2005年無(wú)意發(fā)現(xiàn)家中一民國(guó)年間寺院手抄本《靈鷲山寺記》并送交寺院作為僅存文物保管。該游記是當(dāng)?shù)匾秽l(xiāng)紳曾紹貫于民國(guó)年間游歷本寺所寫,開篇寫有:“靈鷲山寺者,吾鄉(xiāng)之名勝。山未有名,是有是寺,山因而名之?!爆F(xiàn)該文物保存與靈鷲禪寺,復(fù)印件由寺院報(bào)送連平縣檔案局、連平縣宗教局,河源市宗教局、高莞鎮(zhèn)人民政府作為歷史資料存檔。
2004年4月,連平縣民族宗教局批準(zhǔn)寺院恢復(fù)開放宗教活動(dòng),2007年,經(jīng)縣宗教局協(xié)調(diào),當(dāng)?shù)卮迕裢鈿w還寺院土地264.22畝山地支持寺院恢復(fù)重建,并于當(dāng)年在縣國(guó)土局登記發(fā)給寺院土地證。2007年,省民族宗教委員會(huì)將該寺院進(jìn)行登記備案。
目前該寺院正在恢復(fù)重建中,現(xiàn)道路和供電并未接通,交通可通過(guò)山間便道抵達(dá)。