直沖式智能馬桶，是利用水流的沖力來排出便便，一般池壁較陡，存水面積較小，這樣水力集中，便圈周圍的落下的水力加大，沖污效率高。

虹吸式智能馬桶的結構是排水管道呈S型，在排水管道充滿水后會產生一定的水位差，通過沖洗水在便器內的排污管內產生的吸力將污物排走，還可分為旋渦式虹吸、噴射式虹吸兩種。

超漩式是虹吸馬桶的一種，這種坐便器沖水口設于坐便器底部的一側，沖水時水流沿池壁形成旋渦，這樣會加大水流對池壁的沖洗力度，也加大了虹吸作用的吸力，更利于將馬桶內臟東西排出。