第三方機構(gòu)與各個主要銀行之間又簽訂有關(guān)協(xié)議，使得第三方機構(gòu)與銀行可以進行某種形式的數(shù)據(jù)交換和相關(guān)信息確認。這樣第三方機構(gòu)就能實現(xiàn)在持卡人或消費者與各個銀行，以及最終的收款人或者是商家之間建立一個支付的流程。

除了網(wǎng)上銀行、電子信用卡等支付方式以外還有一種方式也可以相對降低網(wǎng)絡(luò)支付的風險，那就是正在迅猛發(fā)展起來的利用第三方機構(gòu)的支付模式及其支付流程，而這個第三方機構(gòu)必須具有一定的誠信度。在實際的操作過程中這個第三方機構(gòu)可以是發(fā)行信用卡的銀行本身。在進行網(wǎng)絡(luò)支付時，信用卡號以及密碼的披露只在持卡人和銀行之間轉(zhuǎn)移，降低了應通過商家轉(zhuǎn)移而導致的風險。

同樣當?shù)谌绞浅算y行以外的具有良好信譽和技術(shù)支持能力的某個機構(gòu)時，支付也通過第三方在持卡人或者客戶和銀行之間進行。持卡人首先和第三方以替代銀行帳號的某種電子數(shù)據(jù)的形式（例如郵件）傳遞帳戶信息，避免了持卡人將銀行信息直接透露給商家，另外也可以不必登錄不同的網(wǎng)上銀行界面，而取而代之的是每次登錄時，都能看到相對熟悉和簡單的第三方機構(gòu)的界面。